O Conselho Deliberativo é o órgão administrativo da Fundação e tem como principal atribuição tomar as decisões necessárias para que a finalidade social definida para a entidade seja devidamente cumprida. Ele é responsável também por eleger a Diretoria Executiva, deliberar o seu programa de trabalho e aprovar o balanço e as contas da Fundação, além de ser o Curador dos casos omissos, conforme estabelecido no Estatuto.

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O Conselho Deliberativo da Fundação Irmão José Otão tem em sua composição 40 (quarenta) membros, dos quais 20 (vinte) são escolhidos dentro do quadro de colaboradores da PUCRS e da USBEE e 20 (vinte) são escolhidos dentre pessoas físicas ou jurídicas que revelam afinidade com os nobres objetivos da Fundação.

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O Conselho Deliberativo possui um mandato de 3 (três) anos, devendo ser renovado, a cada final de período.

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Conselheiros

Andrea Gonçalves Bandeira

Profª. Drª. Betina Blochtein

Profª. Drª. Carla Denise Bonan

Carlos Guilherme Mate

Prof. Dr. Carlos Nelson dos Reis 

Clodis Xavier da Silva

Dario Anschau

Eduardo Meira Peres

Prof. Francisco Arseli Kern

Ionara Rech

Prof. Dr. Jaderson Costa da Costa

João Carlos Nedel

Joel Ramos Corte

Prof. Dr. Jorge Luis Nicolas Audy

Prof. Jorge Santos Franz

José Fernando Vedana

Julio Cesar Ferst

Kelly Matos

Ir. Lauro Hochscheidt

Lidiane Ramirez de Amorim

Prof. Dr. Luciano Castro

Prof. Dr. Luis Humberto de Mello Villwock

Ir. Manuir José Mentges

Ir. Marcelo Bonhemberger

Marcelo Machado Bertoluci

Prof. Dr. Marcos Alexandre Másera

Maria de Fatima Zachia Paludo

Maria do Carmo Hernandorena

Profª. Maria Regina Fay de Azambuja

Marta Dieterich Voelcker

Maurien Randon

Ir. Miguel Antonio Orlandi 

Ir. Odilmar Jose Civa Fachi

Rafael Prikladnicki

Prof. Dr. Ricardo Melo Bastos

Samuel da Silveira

Simone Engler Hahn

Simone Regina Diefenthaeler Leite

Solimar dos Santos Amaro

Tulio Milman

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Conselho Fiscal

Déo Luis da Silva 

João Pedro Batista Ferrari Scotti

Ivo Moraes Cadaval Junior

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Suplentes Conselho Fiscal

Luiz Carlos Pilotto

Milton Fernando da Silva de Oliveira

Osmar Tomaz de Souza